Mirto è un piccolo centro abitato della provincia di Messina, con un territorio di 900 ettari e una popolazione di circa 1200 abitanti. Il paese si sviluppa a 430 metri sul livello del mare, nel suggestivo territorio della valle del Fitalia, incuneata tra i contrafforti settentrionali dei Nebrodi e la costa tirrenica. Creste maestose, colli alberati, pendii scoscesi si susseguono nella corona di monti che circonda la valle, sia ad oriente che ad occidente, delineando uno scenario paesaggistico di suggestiva bellezza.

Scavi archeologici fanno presupporre che il grosso insediamento del periodo ellenistico-romano (anno 100 a.C.) chiamato Ruma, in contrada Tempoli al confine tra Mirto e Capri Leone, venne distrutto da un forte terremoto e che i superstiti spostarono la loro dimora nelle campagne circostanti e nell'attuale sito al tempo della dominazione saracena. 
Sembra, anche, che intorno alla metà del V secolo d.C. un latifondo indicato con il nome di Myrtus sive Anniana appartenesse al nobile Lauricio.
E', altresì, accertato che nel 839 Mirto fosse un castello con imponenti fortificazioni.
Nell'anno 1111, re Ruggero donò il castello di Mirto al Monastero di S. Bartolomeo di Lipari. 

Nel XIII secolo, re Federico II di Svevia per conquistare il monastero di San Filippo (a Frazzanò), importante centro di studi e formazione del monachesimo greco in Sicilia, mise le tende nel paese di Mirto; quando ripartì per la Svevia, egli volle portare con sé un arbusto di mirto, dono di Colapesce, una pianta che in Germania viene ancora coltivata.
E' certo comunque che, sin dall'età normanna (1183), il toponimo greco merto, riferito al territorio, abbia indicato una precisa caratteristica ambientale, la presenza del mirto, sottolineando la condizione boschiva delle contrade di questa parte dell'isola.
Durante la guerra del Vespro (1282), la rivolta popolare che cacciò dalla Sicilia gli Angioini facendola passare in signoria a Pietro III d'Aragona, Mirto con i casali limitrofi (presumibilmente Belmonte, Frazzanò, Crapisusu e Crapiiusu) fornì dieci arcieri. La furia della guerra, però, fu tale che il casale di Mirto nel 1305 venne distrutto. L'abate del vicino monastero di San Filippo diede incarico di ricostruire la chiesa di San Nicola del Pirgario, mettendo a coltura anche fondi di pertinenza della Chiesa. Dati storici attestano che comunque, tra il 1308 e il 1310, a Mirto vi erano ancora tre Cappellani greci e uno latino, di nome Giovanni, a testimonianza di come la popolazione, nonostante la grave incertezza dei tempi, fosse rimasta nel proprio luogo di residenza.

Da quest'epoca, nodale per la storia degli abitati della Sicilia, Mirto fu sempre considerato casale cioè luogo di convivenza civile. Non possedeva, tuttavia, nè mura nè strutture atte alla difesa e all'arroccamento, sebbene il nome greco pirgario denunciasse la presenza di una torre.
In quanto casale Mirto godeva del diritto di eleggere un consiglio civico composto da giurati, accanto al quale sedeva il baiolo, un rappresentante nominato dal barone o dal governo, che giudicava o amministrava.
Altre fonti storiche riportano che all'epoca di Federico III, nel 1320, Mirto insieme a Crapiiusu (oggi Capri Leone) appartenesse a Vitale de Aloisio, mentre intorno al 1336 era in potere degli Alagogna. In seguito, nella seconda metà del secolo, era probabilmente in possesso di Federico de Aloisio che ne dispose negli anni turbolenti del Baronaggio Siciliano.
Nel 1392 Mirto, con i casali limitrofi, passò a Federico d'Aragona, Signore di San Marco, entrando così a far parte del vasto territorio feudale della "contea di San Marco".

In questa data Riccardo Filangeri dimostrò di possedere da almeno trent'anni, tra i vari casali, anche quello di Mirto e, pertanto, gli venne conferito il titolo di Conte di San Marco.
 

Nel 1508 Girolamo Filangeri vendette Mirto al messinese Giacomo Balsamo, ma nel 1536 Francesco Filangeri ricomprò Mirto per poi rivenderlo ad Antonio Branciforte col patto di ricompra. Questa avvenne nel 1608 da parte di Pietro Filangeri, il quale completò il riscatto degli antichi possedimenti, dopo una lunga lite per la successione della contea.
Infine, nel 1643 i Filangeri vennero elevati alla dignità di Principi di Mirto e governarono il paese fino al XIX secolo.