La prima notizia storica che interessa il centro di Mirto risale al III secolo, cioè all'anno in cui re Ruggero donò il Casale di Mirto al Monastero di San Bartolomeo di Lipari.
Nel 1134, con Privilegio dello stesso re Ruggero, Mirto fu chiamato Myrti: fu chiamato anche Myirtus, Myrtium e Myrths.
Nel 1398, il re Federico II d'Aragona concesse la terra di Mirto al nobile Angelotto de l'Archam, il quale, nel 1408, diventò anche Signore di San Fratello, di Capre, di Frazzanò.
Sotto l'impero di Carlo V, la signoria di Mirto fu tenuta da Antonio Branciforte, e poi, per riscatto, dalla nobile famiglia dei Filangeri, i quali, nel 1643, ottennero il titolo di Principi di Mirto.
I Filangeri dimoravano in una sontuosa abitazione, di cui ancora oggi, si può ammirare lo stesso stemma gentilizio.
Mirto, in passato, possedeva 10 chiese, un Convento delle benedettine col nome di San Cosma e Damiano, e un Convento dei Cappuccini. Ciò è provato da alcuni versi, altamente descrittivi, del noto poeta Mirtese prof. Nino Anastasi, tratti dalla poesia:
 "Lu me paisi":
 
"Cincucentu casuzzi, du cunventi,
deci chiesi a cavaddu a 'na cullina,
'na funtana cu m'armuru piangenti,
e 'nfacci, 'nfundu, Alicudi e Salina".
 
Lo scrittore sampietrino dott. Giuseppe Argeri, nella sua opera, intitolata "Storia di San Piero Patti attraverso i principali avvenimenti della Sicilia", pubblicata da recente, si è occupato di questo poeta, a distanza di 36 anni dalla sua morte, trascrivendo una sua Ode in onore del Canonico Giovanni Paleologo, che lo stesso poeta recitò a San Piero Patti durante un pranzo in casa del medesimo Canonico, a cui egli era legato da sincera amicizia.
L'Ode si compone di 38 quartine, e celebra l'avvenimento più significativo delle lunga attività Pastorale del Religioso sampietrino, e cioè la promozione ad Arciprete e Decano della Chiesa Madre di San Piero Patti, non trascurando di mettere in luce la sua diuturna opera di apostolato, sorretta da un intenso fervore religioso, e da un'incrollabile fede in Dio.
Mirto ha dato i natali a Padre Francesco Cupani , dottore in Scienze Teologiche e celebre Botanico, appartenente ad una ricca famiglia baronale. Dopo gli studi umanistici, compiuti lodevolmente, si diede con amore a quelli della Medicina, speranzoso, forse, di appagare in qualche modo la sua innata e forte inclinazione verso le Scienze naturali.
Per lui "La Botanica non era soltanto una scienza ma anche un potente mezzo di spirituale elevazione a Dio, la cui infinita sapienza vedeva splendere anche nelle piante più umili", come dice un biografo. Da questo modo di innalzarsi a Dio, forse maturò in lui la vocazione al Sacerdozio. Infatti nel 1681, a 24 anni, entrò nel terzo Ordine Francescano.

Terminati gli studi di Filosofia e Teologia, come dice il Mongitore, "fu decorato, dato l'acume del suo ingegno, della laurea dottorale e di magistero"; ma non abbandonò mai i prediletti studi botanici. Spesso si rese benemerito dell'agricoltura siciliana, diffondendo la conoscenza di molti alberi fruttiferi, fra cui il mandorlo, che fu largamente coltivato per la preziosità e gli usi molteplici del suo frutto. nel 1692 assunse la direzione del famoso orto Botanico di Misilmeri, che rese uno dei più importanti d'Europa, attraverso la sua instancabile attività di studioso e di ricercatore. Da qui egli dava riscontro ad innumerevoli lettere che dalle più accreditate Accademie d'Europa e dai più noti scienziati riceveva, per consigli e notizie.
Il Cupani è autore di interessantissime e lodatissime pubblicazioni. La sua opera principale è "Pampilium Siculum", pubblicata nel 1713, tre anni dopo la sua morte.

Mirto ha dato i natali allo scultore Filadelfio Allò, autore della bella statua in legno di San Lorenzo Confessore e di altre pregevoli opere; a Francesco Cupani, eminente uomo di legge di vasta erudizione, che occupò cariche di Giudice, di Consultore, di Presidente, di Direttore di Vigilanza nella Sanità Pubblica e di Procuratore generale della Suprema Corte di Giustizia; a padre Girolamo Cupani, Abate dell'Ordine di San Basilio e maestro di Matematica, Filosofia e Teologia; ad Antonio Costanzo, Giudice della Gran Corte di Giustizia  in diverse province e delicato cultore di Poesia e di Letteratura, a cui si deve un ricco patrimonio di scritti in gran parte inediti; a Luigi Costanzo, Giudice della Gran Corte di Giustizia di Catania, delicato poeta ed illustre letterato; al sindaco Felice Magrì ed al figlio diciannovenne Luigi, caduti durante la rivoluzione del 1860; al prof. Nino Cassarò, laureato in Lettere Classiche, Provveditore agli Studi di Catania, ed autore di un'antologia latina dal titolo "Primi Vere", e di un "Commento alle Leggi di Platone"; a Padre Antonino, al secolo Ricevuto, detto "Il Provinciale", predicatore di chiarissima fama, conosciuto anche all'estero e fondatore si dice del Convento dei Cappuccini.